La chapelle des pénitents gris a une longue histoire, liée à celle d’Avignon au temps du Comte de Toulouse dont elle dépendait et qui avait embrassé l’hérésie albigeoise. En conséquence, Avignon fut attaquée par le roi de France, Louis VIII dit Le Lion, père de Saint Louis. La ville résista pendant trois mois, puis les habitants mourant de faim, finit par se soumettre et fut mise à sac. Le 14 septembre 1226, le roi tint à célébrer sa victoire en se rendant  vêtu d’un sac gris, portant le Saint Sacrement, dans un oratoire dédié à la Sainte Croix. C’est ainsi que fut créée la Confrérie de la Sainte Croix qui a pour vocation l’adoration du Saint Sacrement et prend le nom de dévote et royale confrérie des pénitents gris.  Cette dernière est toujours en activité. La chapelle située dans l’actuelle rue des Teinturiers présente un fronton peint sur lequel on peut apercevoir deux pénitents gris agenouillés de part et d’autre du Saint Sacrement.                                   

                    Le miracle des eaux

Le 30 novembre 1433, la Sorgue déborde et inonde la chapelle. Les pénitents veulent mettre à l’abri le Saint Sacrement. Sur leur passage, l’eau qui a envahi la chapelle se retire et leur permet de parvenir jusqu’à l’autel. La Conférie commémore chaque année le miracle des eaux.
                                         
              
                    Les pénitents noirs de la miséricorde

En 1586, les pénitents noirs de la Miséricorde, sous le vocable de la décollation de Saint Jean Baptiste, se vouent aux soins des prisonniers et des insensés. C’est pourquoi ils installent leur chapelle dans la rue Banasterie, accolée au  mur de la prison. De nos jours la confrérie est toujours active dans ce lieu. La prison, désaffectée depuis quelques années, va être restaurée et reconvertie, semble-t-il en hôtel.