Quito est entrée dans l'histoire un jour de l'an 1528, le jour où l'Empereur inca Huayna Capac (1493 - 1528) y mourut de la variole ! Maladie inconnue dans les Andes jusqu'à l'arrivée des Espagnols, les chroniqueurs racontent pourtant qu'il n'avait jamais vu de blancs. Quito n'était pas à l'époque une ville d'importance. Il n'y a pas beaucoup de vestiges incas dans cette ville. L'empereur Topa Yupanqui (1471 – 1493), le père de Huayna Capac, ne conquit d'ailleurs que tardivement cette région dominée par les Quitus, vers la fin du XVe siècle, au prix de nombreuses difficultés.
A l'arrivée des Espagnols, tout ce qui concernait l'Empire inca fut systématiquement détourné, récupéré ou détruit. La colline sacrée inca s'appelle aujourd'hui le « panecillo », le « petit pain » en espagnol. Elle domine la ville de la statue imposante de la Vierge. Sur la plazoleta Benalcazar, on peut découvrir le lieu originel de la ville coloniale. Pour mieux contrôler la ville inca, le conquistador Sebastián de Benalcazar s'était installé au cœur de la ville ancienne, le long d'un petit cours d'eau aujourd'hui disparu. Il fonda alors ce qui est aujourd'hui une des plus grandes villes coloniales d'Amérique du Sud. La vieille ville, absolument magnifique, s'est superposée peu à peu à la bourgade inca. Le symbole le plus manifeste en est la « rue des 7 croix », reliant les églises les plus belles de Quito, dont le célèbre couvent de San Francisco. La rue des « 7 croix », parallèle à l'ancienne « calle augosta », concurrence aujourd'hui fortement cette dernière comme axe central de la ville coloniale.
L'église de San Francisco est le symbole du Quito colonial. Dans le musée du cloître, on peut observer des pièces magnifiques, notamment les sculptures de Christ en bois polychrome du XVIIe siècle. Ces statues, servant pour les processions, sont émouvantes car elles ne sont pas le fruit du hasard. L'Art s'est ici magnifié dans la ritualisation du sacré, très marqué dans les cultures précolombiennes, au travers des pèlerinages et des processions. Nous ressentons ainsi que malgré la colonisation et l'évangélisation, pour se propager, l'église a du s'adapter... Dans l'Art en Amérique latine, le syncrétisme est omniprésent.